A ce titre, l’entreprise peut intégrer dans son assiette CIR les salaires des personnels de recherche, certains frais de fonctionnement, les amortissements des équipements dédiés à la R&D ainsi qu’une partie des dépenses de recherche confiées à des prestataires externes, sous réserve que ces derniers disposent d’un agrément CIR.

Aujourd’hui, il ouvre droit à un crédit d’impôt correspondant à 30 % des dépenses de recherche éligibles jusqu’à 100 millions d’euros.

Le CII pour soutenir l’innovation des PME

En complément du CIR, le crédit d’impôt innovation (CII) cible plus spécifiquement les PME qui conçoivent de nouveaux produits. Il prend en compte certaines dépenses engagées dans le cadre de la réalisation de prototypes ou d’installations pilotes. Pour accéder au dispositif, l’entreprise doit démontrer que le produit n’est pas encore commercialisé et qu’il apporte une amélioration significative par rapport aux solutions existantes, qu’elle soit technique, fonctionnelle, ergonomique ou environnementale.

Par ailleurs, le dispositif est prolongé jusqu’au 31 décembre 2027. Les PME peuvent ainsi bénéficier d’un crédit d’impôt égal à 20 % des dépenses éligibles engagées depuis le 1er janvier 2025.

Dans la HealthTech, cette distinction entre recherche et innovation mérite une attention particulière. En effet, selon son degré de maturité et les objectifs poursuivis, un même projet peut relever du CIR, du CII ou combiner des phases éligibles à chacun de ces deux dispositifs.

Le CICo pour les projets menés avec la recherche publique

Enfin, les entreprises qui collaborent avec des acteurs de la recherche publique peuvent mobiliser le crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo). Ce dispositif encourage les partenariats entre entreprises et organismes de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC), tels que les universités, les laboratoires publics ou certains centres de recherche.

Dans ce cadre, l’entreprise finance une partie des travaux réalisés par son partenaire de recherche et bénéficie, en contrepartie, d’un avantage fiscal sur les dépenses concernées. Le CICo reste actuellement accessible jusqu’au 31 décembre 2028.

Pour les entreprises de la santé qui collaborent avec un laboratoire académique, un CHU ou un organisme public de recherche, le CICo complète donc utilement le CIR et permet de renforcer l’intérêt économique des projets collaboratifs.

Dans la HealthTech, ces financements peuvent accélérer de nombreuses étapes du développement : démonstration de faisabilité, validation clinique, expérimentation, industrialisation ou encore passage à l’échelle. L’enjeu n’est donc pas seulement de recenser les aides existantes, mais surtout d’identifier celles qui correspondent au projet, à son niveau de maturité et aux besoins de financement de l’entreprise.

En ce moment : les innovations de rupture dans les dispositifs médicaux

L’appel à projets « Soutien aux innovations de rupture dans la filière DM implantable et robotique chirurgicale », lancé dans le cadre du programme France 2030, illustre cette approche. Ce dispositif soutient le développement de dispositifs médicaux implantables innovants et d’innovations de rupture en robotique chirurgicale. Selon la nature et la maturité des projets, les porteurs peuvent obtenir des subventions ou des avances remboursables. L’appel à projets est actuellement ouvert et prévoit une relève le 6 octobre 2026 à 12h00.

Cet exemple met en évidence une réalité essentielle : toutes les entreprises de la santé ne mobilisent pas les mêmes financements. Une société développant un dispositif médical implantable, une biotech travaillant sur un candidat médicament ou un acteur de la santé numérique ne ciblent pas les mêmes dispositifs et ne font pas face aux mêmes défis de développement. Au-delà du montant annoncé, la pertinence d’un financement dépend avant tout de sa capacité à soutenir le projet au bon moment.

A surveiller : Challenge Prévention

Le programme Challenge Prévention : démontrer la valeur des innovations en vie réelle vise à soutenir des projets permettant d’évaluer, dans des conditions réelles d’utilisation, la valeur d’innovations dans le domaine de la prévention. Les projets peuvent intégrer des innovations technologiques, numériques, biotechnologiques, organisationnelles ou encore interventionnelles. L’objectif est de dépasser la seule preuve de faisabilité afin de produire des données concrètes sur l’impact d’une innovation auprès des patients, des professionnels de santé ou plus largement du système de soins.

Le dispositif fonctionne par relèves successives. La dernière échéance était fixée au 22 septembre 2026 mais une nouvelle relève est prévue en septembre 2027 et l’appel restera ouvert jusqu’à fin 2028, sous réserve de l’épuisement des budgets disponibles. En anticipant l’ouverture de l’appel à projets, cela permet de préparer plus tôt son dossier, de consolider ses arguments scientifiques et financiers, et ainsi présenter une candidature plus solide.

Les fonds d’investissement spécialisés prennent alors le relais. Contrairement aux dispositifs fiscaux ou aux subventions, ils ne financent pas une dépense précise ni un projet particulier. Ils investissent directement dans l’entreprise lorsqu’ils considèrent que son potentiel de croissance justifie un apport en fonds propres. En échange, ils entrent au capital et contribuent souvent à la structuration de l’entreprise, à son développement commercial et à ses futures levées de fonds.

Exemple : InnoBio 3 pour les biotechnologies

Le fonds InnoBio 3, géré par Bpifrance, illustre cette logique dans le secteur des biotechnologies. Il cible les entreprises développant des innovations de santé à fort potentiel et cherche à faire émerger les futurs leaders européens du secteur. Bpifrance a annoncé le 17 septembre 2026 le renforcement du fonds, dont la taille atteint désormais 207 millions d’euros.

L’une des particularités d’InnoBio 3 réside dans son modèle. Aux côtés de Bpifrance figurent plusieurs acteurs majeurs de la santé et de la recherche, parmi lesquels Sanofi, Servier, Ipsen, Bristol Myers Squibb et l’Institut Pasteur. Ainsi, au-delà des capitaux apportés, cette approche permet aux entreprises financées de bénéficier d’un environnement réunissant expertises scientifiques, industrielles, réglementaires et stratégiques.

Le fonds cible principalement des innovations thérapeutiques à fort potentiel dans des domaines tels que l’oncologie, l’immunologie et l’inflammation, les maladies rares et les neurosciences.

Dans ce contexte, le véritable enjeu consiste à identifier les dispositifs les plus pertinents et à les articuler au sein d’une stratégie de financement cohérente, capable d’accompagner le projet tout au long de son évolution.

Chez FRS, nous accompagnons les entreprises innovantes dans cette démarche, depuis l’analyse de leurs projets jusqu’à la mobilisation des financements adaptés. Concrètement, nous les aidons à sécuriser leurs dispositifs, à optimiser les financements accessibles et à construire, dans la durée, une trajectoire de financement alignée sur leurs ambitions de développement.