Sans constituer un revirement de jurisprudence, deux jugements rendus par le tribunal administratif de Montpellier proposent une interprétation particulièrement stricte des règles de déduction des aides publiques. Ils méritent donc toute l’attention des entreprises bénéficiant simultanément du CIR et de financements publics.

Une subvention liée à un projet de R&D doit-elle être déduite intégralement du CIR ?

Dans une décision du 12 mai 2026 (TA Montpellier, n° 2400029), le tribunal administratif s’est prononcé sur la déduction d’une subvention publique. L’entreprise avait reçu une aide pour financer un projet de recherche lequel regroupait deux types de dépenses :

• Certaines entraient dans l’assiette du CIR
• D’autres ne répondaient pas aux critères d’éligibilité du dispositif

L’entreprise a donc estimé qu’elle devait uniquement déduire la partie de la subvention correspondant aux dépenses retenues dans l’assiette du CIR. Toutefois, le tribunal administratif n’a pas retenu cette analyse.

En effet, selon les juges, l’entreprise doit déduire la totalité de la subvention dès lors que l’aide finance un projet de recherche. La nature précise des dépenses financées n’a pas d’incidence sur le montant à déduire. Cette décision repose sur une lecture stricte de l’article 244 quater B du Code général des impôts. Le tribunal privilégie l’objet global de l’aide plutôt que son utilisation détaillée.

Quelle conséquence pour les entreprises ?

Cette décision peut avoir un impact important pour les entreprises qui combinent CIR et financements publics.

Dans la pratique, certaines entreprises répartissent les aides en fonction des dépenses réellement financées. Elles considèrent alors que seule la part correspondant aux dépenses éligibles au CIR doit réduire l’assiette.

Le TA de Montpellier adopte une approche différente. Pour les juges, le lien entre l’aide et le projet de recherche suffit à justifier une déduction intégrale. Cette position reste toutefois à confirmer. En effet, une décision d’un tribunal administratif ne possède pas la même portée qu’une décision du Conseil d’État.

Un prêt Bpifrance peut-il être considéré comme une aide publique pour le CIR ?

Le second jugement du TA de Montpellier, rendu le 30 juin 2026 (n° 2402471), concerne le traitement d’un prêt accordé par Bpifrance à un taux préférentiel.

Contrairement à une idée parfois répandue, la question du traitement des prêts remboursables n’est pas totalement tranchée en pratique. Si l’article 244 quater B du CGI prévoit la déduction des subventions publiques de l’assiette du CIR, le traitement des avances ou prêts remboursables dépend de leur qualification juridique et économique.

Dans cette affaire, le tribunal administratif de Montpellier considère que le financement accordé par Bpifrance constitue une aide publique venant financer les travaux de recherche. Son caractère remboursable ne fait pas obstacle, selon les juges, à sa prise en compte pour la détermination de l’assiette du CIR. La totalité du financement est donc déduite du CIR, puis réintégrée au fur et à mesure des remboursements effectués par l’entreprise.

Cette analyse est d’ailleurs celle que nous retenons chez FRS Consulting depuis plusieurs années. Lorsqu’un prêt remboursable finance des dépenses de R&D éligibles au CIR, nous déduisons la fraction correspondant aux dépenses éligibles de l’assiette du crédit d’impôt l’année de son versement, puis nous la réintégrons progressivement au rythme des remboursements. Cette méthode permet d’éviter un double avantage fiscal tout en tenant compte du caractère remboursable du financement.

Une décision qui questionne la qualification des prêts remboursables

Le jugement du TA de Montpellier du 30 juin 2026 soulève une question importante sur le traitement des financements publics dans le cadre du CIR.

Dans cette affaire, le tribunal ne s’est pas limité à la qualification juridique du financement. Bien que le dispositif prenne la forme d’un prêt remboursable, les juges ont considéré que les conditions avantageuses du financement pouvaient conduire à le traiter comme une aide publique venant réduire l’assiette du CIR.

Cette décision met donc en lumière une difficulté : la distinction entre un financement remboursable et une aide publique ne dépendrait pas uniquement de l’obligation de remboursement, mais pourrait également tenir compte des caractéristiques du financement accordé.

La portée de cette décision reste toutefois à confirmer. Elle émane d’un tribunal administratif et ne constitue pas une règle générale applicable à tous les prêts remboursables.

Que retenir sur les aides publiques et le CIR ?

Ces deux décisions rappellent l’importance d’analyser précisément les financements publics associés aux projets de recherche.

Les entreprises doivent notamment vérifier :

• La nature exacte de l’aide reçue
• Le lien entre le financement et le projet de R&D
• L’impact de cette aide sur l’assiette du CIR
• Les modalités de réintégration en cas de remboursement

Notons qu’à ce stade, ces décisions ne remettent pas en cause toutes les pratiques existantes. Elles montrent néanmoins que les aides publiques CIR restent un point d’attention majeur lors des contrôles.

L’accompagnement FRS Consulting

Le traitement des aides publiques dans le calcul du CIR nécessite une analyse précise des financements obtenus et de leur lien avec les travaux de recherche réalisés. Les décisions récentes du tribunal administratif de Montpellier montrent que ces sujets peuvent faire l’objet d’interprétations différentes et doivent être documentés avec rigueur.

Chez FRS Consulting, nous accompagnons les entreprises dans l’analyse de leurs financements publics et dans la sécurisation de leur déclaration CIR. Nous évaluons la nature des aides perçues, leur impact sur l’assiette du crédit d’impôt et les modalités de traitement à retenir afin de limiter les risques lors d’un éventuel contrôle fiscal.

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