Beaucoup d’entreprises pensent que le CIR ou le CII suit automatiquement le traitement comptable des dépenses. Mais, ce n’est pas le cas. Le traitement comptable répond aux règles du Plan comptable général tandis que le CIR et le CII répondent aux dispositions du Code général des impôts. Même si ces deux univers sont liés, ils ne se confondent pas.

Pourquoi certaines dépenses sont-elles immobilisées ?

Pendant la phase d’exploration et de recherche fondamentale, les incertitudes restent fortes. Par principe de prudence, tous les coûts engagés doivent être comptabilisés immédiatement en charges dans le compte de résultat.

Toutefois, dès que le projet passe en phase d’application pratique – qu’il s’agisse de développement expérimental (éligible au CIR) ou de conception de prototypes/pilotes (éligibles au CII) -, les dépenses ne sont plus obligatoirement comptabilisées en charges. Vous avez la possibilité de les immobiliser au bilan pour valoriser l’actif de votre entreprise.

Pour inscrire ces dépenses à l’actif (en immobilisations incorporelles), le projet doit répondre à 6 conditions strictes :

• Faisabilité technique : Démontrer la capacité à mener le projet à son terme
• Intention ferme : Avoir la volonté claire d’achever le développement pour l’exploiter ou le vendre
• Capacité d’utilisation : Prouver la capacité à utiliser ou à commercialiser l’innovation
• Rentabilité future : Démontrer la génération d’avantages économiques futurs probables (chiffre d’affaires, économies de coûts)
• Ressources suffisantes : Disposer des ressources techniques, financières et humaines nécessaires pour aller au bout
• Mesure fiable : Pouvoir évaluer et tracer les dépenses attribuables au projet de manière rigoureuse

Dans ce cas, les dépenses ne sont plus enregistrées immédiatement en charges mais deviennent des immobilisations incorporelles amorties sur plusieurs exercices.

Cela remet-il en cause le CIR ou le CII ?

Non, le traitement comptable n’efface pas le fait que la dépense a été engagée au cours d’un exercice donné.

Le BOFiP précise d’ailleurs que des dépenses immobilisées peuvent être prises en compte dans le crédit d’impôt au titre de l’année où elles ont été exposées, dès lors qu’elles correspondent à des dépenses éligibles par nature.

Autrement dit, une immobilisation comptable n’oblige pas, à elle seule, à corriger une déclaration de CIR ou de CII. L’entreprise doit simplement être capable de reconstituer le détail des dépenses immobilisées selon les catégories prévues par le dispositif (personnel, sous-traitance, amortissements, etc.).

Le véritable point de vigilance : éviter le double comptage

C’est sur ce point qu’il faut être attentif. Le risque n’est généralement pas d’avoir déclaré des dépenses immobilisées mais de les déclarer une seconde fois.

Par exemple, en 2025, une entreprise déclare au CII les salaires de son équipe de développement ainsi que les dépenses de sous-traitance engagées pour réaliser son prototype. Ces dépenses sont ensuite immobilisées en comptabilité.

Si, les années suivantes, l’entreprise intègre également les dotations aux amortissements de cette immobilisation dans son assiette de CII, elle risque de prendre en compte une seconde fois des coûts qui ont déjà ouvert droit au crédit d’impôt.

Ce n’est donc pas l’immobilisation qui pose problème, mais le double comptage des mêmes dépenses.

Une bonne coordination entre comptabilité et fiscalité

En pratique, une modification comptable postérieure à la déclaration ne signifie pas automatiquement qu’une correction fiscale est nécessaire.

En revanche, elle impose de vérifier :

• Quelles dépenses ont déjà été retenues dans l’assiette du CIR ou du CII
• Comment elles sont suivies dans la comptabilité
• Comment seront calculées les dotations aux amortissements les années suivantes

Une bonne traçabilité permet d’éviter les doubles prises en compte tout en sécurisant la déclaration fiscale.

Ce qu’il faut retenir

L’immobilisation de dépenses de développement est une décision comptable.

Elle ne remet pas automatiquement en cause une déclaration de CIR ou de CII déjà déposée.

L’essentiel est de pouvoir justifier la nature des dépenses déclarées et de s’assurer qu’elles ne seront pas valorisées une seconde fois au travers des amortissements.

Chez FRS Consulting, nous vérifions systématiquement la cohérence entre le traitement comptable des projets et leur valorisation au CIR ou au CII. Notre objectif est double : sécuriser les dépenses déclarées et éviter les erreurs de valorisation susceptibles d’être relevées lors d’un contrôle fiscal. Contactez-nous !